- Ústav mikrobiologie poskytuje diagnostickou a konzultační činnost v problematice infekčních onemocnění pro Fakultní nemocnici Olomouc a některá další zdravotnická zařízení ve spádové oblasti.
- Specializovaná diagnostická a konzultační činnost je částečně zajišťována i v rámci širší spádové oblasti.
- Ústav se dále podílí na výzkumné činnosti a na pregraduálním i postgraduálním vzdělávání v oboru lékařská mikrobiologie.