Historie
Před druhou světovou válkou existovala mikrobiologie v rámci prosektury Zemské nemocnice v Olomouci. Byla významnou složkou diagnostického centra, zaměřeného na prevenci a léčbu infekčních nemocí, která se postupně vyvinula až v Státní bakteriologicko-diagnostickou stanici. V poválečném období (v roce 1947) se uskutečnila adaptace nevyhovující dřevěné přízemní budovy v místech dnešního parkoviště ředitelství FNOL. Ve stísněných poměrech pitevního prostředí, s nízkou hygienickou úrovní a nedostatečným personálním a materiálním vybavením zde byla zajišťována bakteriologická a sérologická diagnostika nejen pro FNOL, ale též pro mnohá zdravotnická zařízení střední a severní Moravy.
Začátkem 50. let došlo k bouřlivému rozvoji laboratorní diagnostiky zásluhou budování krajských a okresních hygienických stanic. V roce 1955 byla mikrobiologie vyčleněna jako samostatný obor a posléze převedena na Teoretické ústavy LF UP do svazku s Katedrou lékařské mikrobiologie LF UP. Mikrobiologické oddělení FNOL zde zajišťovalo základní diagnostiku pro klinická oddělení a přičleněná zařízení. Postupně se rozšiřovalo spektrum vyšetřovacích metod a prohloubila se jejich kvalita. Těžiště léčebně preventivních povinností spočívalo především na úseku bakteriologie, včetně diagnostiky mykologických a parazitárních infekcí, a na úseku sérologie a imunologie. Součástí mikrobiologického oddělení byla také laboratoř pro výrobu auto- a stockvakcín, diagnostických a desenzibilizačních antigenů, stejně jako antibiotické středisko s konzultačním servisem pro FNOL a řadu okresů bývalého severomoravského kraje.
V roce 2013 byl ústav přemístěn do zcela nové budovy dostavby Teoretických ústavů, čímž došlo k významnému rozšíření provozních, výzkumných i výukových prostor.
Mikrobiologické oddělení FNOL je tradičně těsně spojeno s Katedrou lékařské mikrobiologie LF UP. V čele stál od počátku prof. MUDr. E. Maršálek, CSc. V roce 1973 v období tzv. normalizace byl zbaven funkce přednosty. Rozhodnutím stranického vedení školy byla katedra mikrobiologie formálně připojena ke katedře hygieny a epidemiologie až do roku 1983.
V souvislosti s jejím opětovným osamostatněním byl do vedení obou mikrobiologických institucí postaven prof. MUDr. E. Weigl, CSc. Začátkem roku 1990 došlo k oddělení imunologie a přednostou mikrobiologie byl jmenován prof. MUDr. V. Hájek, CSc., který tuto funkci vykonával do roku 2000. V letech 2000 - 2013 vedla ústav mikrobiologie doc. MUDr. D. Koukalová, CSc., za jejíhož vedení byly prostory ústavu kompletně zrekonstruovány. Jejím nástupcem v této funkci se stal v roce 2014 prof. MUDr. M. Kolář, Ph.D. Funkci zástupce pro LPP postupně vykonávali MUDr. V. Lepková, MUDr. H. Hlava, CSc., MUDr. I. Podivínská, RNDr. J. Krátká a od roku 1999 MUDr. Y. Směšná, Ph.D. Ve funkci vedoucího laboranta pracoval do r. 1984 F. Langer. Po jeho odchodu do důchodu byla do této funkce jmenována Z. Pospíšilová, kterou v roce 1996 vystřídala H. Látalová. V roce 2013 se stala vedoucí laborantkou Mgr. L. Szkanderová, která funkci vykonávala do roku 2017, kdy ji nahradila Mgr. M. Suchomelová.